每年注入大西洋的水量約6600立方千米,相當于世界河流注入
大洋總水量的1/6.上游從源地到馬拉尼翁河口長約2560千米,分上、下兩段。上段即阿普里馬克河段,長約960千米。從海拔5200米的奇爾卡雪山流下,穿行于東、西科迪勒拉山脈之間的狹長高原上,河流深切,形成一系列急流瀑布。在庫斯科以西130千米,穿阿普里馬克峽谷出東科迪勒拉山脈,沿坡麓下行,至阿塔拉亞,與同出秘魯南部安第斯山區的烏魯班巴河匯合。下段即烏卡亞利河,長1600千米。向北流出80千米,進入亞馬孫平原。河寬由400米展至1200米,河床比降銳減至0.047‰。至瑙塔附近,與源于秘魯西部西科迪勒拉山脈東坡的馬拉尼翁河匯合,河面寬2000米,水量激增。